دفن غیراصولی و آتش زدن پسماندهای شهری و روستایی، مشکلات زیست محیطی و بهداشتی فراوانی در شهرستان کوه‌چنار ایجاد کرده‌است که آلودگی آبهای زیرزمینی و خاک و هوا و در نهایت شیوع بیماریهای مختلف را به همراه دارد.